La saison 2009/2010 de Metz Handball se caractérise par un bilan national contrasté, un parcours européen agité et le départ de figures historiques de l'institution mosellane. Sur la scène française, les joueuses de Bertrand François réalisent le doublé dans les coupes nationales en conservant la Coupe de la Ligue en avril puis en enlevant la Coupe de France en juin. Le club cède toutefois sa couronne hexagonale : tenantes du titre de championnes de France sans interruption depuis 2004, les Messines sont dépossédées de leur trophée par le Toulon Saint-Cyr Var Handball. À titre individuel, la gardienne Amandine Leynaud est récompensée pour ses prestations en étant élue meilleure joueuse de la compétition. La campagne européenne est quant à elle marquée par deux incidents d'une grande rareté. En Ligue des Champions, le match face au club autrichien d'Hypo Niederösterreich est entaché par l'« affaire Prokop », du nom de l'entraîneur adverse entré sur le terrain en toute fin de rencontre pour bloquer illicitement une contre-attaque messine. Privé d'une victoire potentielle, Metz termine troisième de sa poule et se voit reversé en Coupe des Coupes. L'aventure continentale s'arrête en demi-finale face au Budućnost Podgorica lors d'une confrontation une nouvelle fois sous tension, marquée par l'agression physique de l'entraîneur Bertrand François par un supporter monténégrin au match aller. Cet exercice marque enfin un tournant mémoriel majeur pour Metz Handball. La fin de saison est marquée par la retraite sportive de deux piliers emblématiques du vestiaire, Delphine Guehl et Isabelle Wendling, après respectivement 15 et 21 années passées sous le maillot lorrain.